主要危害穗部，病株一般较健株稍矮。小麦接近成熟时，病穗颖片仍保持绿色，病穗颖片张开，病粒稍微露出，病粒比健粒短而胖，初为暗绿色，最后变成灰白色，外面包一层灰褐色薄膜，里面充满黑粉，为病菌的冬孢子，病菌孢子内含有带鱼腥味的三甲胺，故名腥黑穗病。
　　发病条件：
　　1、菌量 一种病害的发生，常需要一定数量的病原物，称为致病菌量，种子或土壤中菌量高时，一般发病较重；
　　2、土壤温度 土壤太干，由于水分不足，限制了孢子萌发;土壤太湿，则氧气不足，也不利于孢子萌发。一般土壤温度40%以下对孢子萌发有利，在10%~24%范围内发生侵染；
　　3、播种时间和播种深度 病菌只能在幼苗出土前侵染，一旦幼苗出土，则需经伤口才能侵入，春麦早播或播种过深则土温偏低，出土迟缓，延长了幼芽受侵染的时期，发病较重。
　　侵染循环:
　　冬孢子附着在种子表面或落入土壤和粪肥中越冬而成为第二年的初侵染源，春天小麦发芽时，越冬的冬孢子也随着萌发。病菌的双核侵染丝由胚芽鞘侵入幼芽，达到生长点，随小麦生长而扩展。到小麦孕穗期，病菌侵入幼穗，破坏花器，形成黑粉。
　　防治方法:
　　1、种子处理 用内吸杀菌剂拌种，目前效果好的有粉锈宁、羟锈宁、拌种双等；
　　2、建立无病留种田；
　　3、栽培措施 春麦适当晚播，播种勿过深，促使小麦早出苗；
　　4、采用优良抗病品种 小麦品种间对小麦腥黑穗病有一定抗性差异，尤其在土壤传病地区是一项十分有效的防治措施，如吉林扶余曾推广合作一号控制了当时土壤传病的问题。